商代时，为古奄国旧址，《阙里文献考》记：曲阜“在殷为奄”。
奄是商朝的属国。
《山东通志》卷二十云：“奄，赢姓，少昊之后《汉书》：‘古奄国即鲁之奄里’”。
因此，奄亦为商朝的古都。
周时为鲁国，周武王灭商，在全国范围内进行分封，奄为商人故地，周武王将其胞弟、王国辅臣周公旦封到少昊之墟曲阜，国号鲁。
鲁国为楚所灭后改为鲁县。
秦时为鲁县并为薛郡治，郡治设在曲阜。
西汉时为鲁县，是徐州鲁国国治。
东汉为鲁国，是豫州鲁国国治，后为东海国国治。
魏、晋时为鲁县，是豫州鲁郡郡治。
南北朝时为鲁县，属兖州鲁郡。
东晋以鲁县为属邑，改隶兖州部。
北魏时为鲁县，是兖州鲁郡郡治。
北齐、北周时为鲁县，属兖州任城郡。
隋初名汶阳县。
隋开皇十六年（596），初定名为曲阜，先属兖州，后改属鲁郡。
唐贞观元年（627）入泗入县，八年复置，属兖州。
北宋大中祥符五年（1012）改为仙源县，徙治大鲁城东北八里（今旧县村）属京东东路袭庆府。
金天会七年（1129）复名曲阜县，属兖州。
元时属山东东西道济宁路总管府兖州。
明嘉靖三年（1524）还治古鲁城，属兖州府。
清时属山东省兖州府。
1914年属济宁道。
1925年属兖济道。
1928年直属山东省。
1938年属鲁西道。
1940年属兖济道。
1941年属鲁南专区第一行政区。
1944年属鲁南行政区第一专区。
1948年属鲁中南行政区第四专区。
1950年属滕县专区。
1953年属济宁专区。
1958年滋阳县并入，县人民政府迁兖州。
1962年原滋阳县地析出置兖州县。
1967年属济宁地区。
1983年属济宁市。
1986年6月，曲阜撤县建市。