1949年12月9日，武都县属武都专区管辖（专区、县同治城关镇）。
1958年4月11日撤销武都专区，武都县随武都专区并入天水专区；12月撤销康县并入武都县。
1962年1月，恢复武都专区，驻地仍在武都城关镇。
1968年7月7日，武都专区、武都县革命委员会在武都莲湖广场召开成立大会。
1969年10月1日，武都专区革命委员会更名为武都地区革命委员会。
1979年1月，武都地区行政公署成立（驻旧城山）。
1980年12月，撤销武都县革命委员会，成立武都县人民政府。
1985年5月14日，国务院批准武都地区更名为陇南地区。
2004年1月，国务院批准撤销陇南地区和武都县，设立甘肃省陇南市（地级市）和武都区（县级区），市、区政府驻地仍为武都城关镇。
2004年6月，武都区政府正式挂牌。